Po podziale Cieszyna w 1920 roku społeczność żydowska została zmuszona do przekraczania granicy, by móc chować zmarłych. Cmentarz znalazł się po stronie polskiej. W 1925 roku cmentarz ewangelicki przy ul. Hrbitovni został przekształcony w komunalny i Żydzi otrzymali jego fragment na wieczną (99 lat ?) dzierżawę. Obok zbudowano dom pogrzebowy, który pełnił też role synagogi. W czasie wojny Niemcy wywieźli większość macew, ale sam budynek ocalał. 29 czerwca 1942 roku ludność żydowska została deportowana do obozów zagłady. Po wojnie Czeski Cieszyn zamieszkiwało ponad 40 osób wyznania mojżeszowego, a ostatni pochówek miał miejsce w 1986 roku
Do 2010 roku synagoga/dom pogrzebowy pełnił funkcję magazynu trumien.