Znajdujący się w sąsiedztwie Collegium Maius barokowy kościół, stanowi krakowską kolegiatę akademicką. Kościół od początku związany był z sąsiednim Uniwersytetem Jagiellońskim. Za króla Kazimierza Wielkiego, założyciela Akademii Krakowskiej istniał już przy niej drewniany kościół. Po jego pożarze, król Władysław Jagiełło wzniósł w jego miejsce nowy, murowany kościół w stylu gotyckim i przeznaczył go dla Uniwersytetu w 1418 r.
W 1473 r. w kościele został pochowany profesor Akademii Krakowskiej Jan Kanty. W XVII w. po kanonizacji św. Jana z Kęt, postanowiono wyburzyć gotycki kościół i na jego miejscu zbudować większy, mogący pomieścić przybywających licznie pielgrzymów. Zbudowany od podstaw zupełnie nowy, barokowy kościół został konsekrowany w 1703 r.
Fasada kościoła św. Anny jest szkolnym przykładem kompozycji barokowej.