Prawdopodobnie kościół parafialny pod wezwaniem św. Marcina nie jest pierwszą świątynią w Gnojniku, ponieważ parafia istniała już od 1160 roku, czyli ponad 200 lat przed konsekracją obecnej świątyni. Pierwszy kościół prawdopodobnie był drewniany, jak większość obiektów wznoszonych w tym okresie.
Kościół p.w. św. Marcina należy do najstarszych zachowanych w całości zabytków murowanej architektury sakralnej nie tylko w gminie Gnojnik, ale również w całej wschodniej części Małopolski. Konsekracji świątyni dokonał biskup Jan Radlica w 1382 roku, natomiast nie znana jest dokładna data rozpoczęcia budowy obiektu. Fundatorami kościoła byli Marek Żegota – dziedzic Gnojnika, kanonik kustosz w kapitule sandomierskiej i kanonik kantor w kapitule krakowskiej oraz Dorota Conha – najprawdopodobniej właścicielka części wsi.