Pałacyk zawdzięcza swoje powstanie wpływowemu, na dworze Zygmunta Starego, alzackiemu dyplomacie Justusowi Ludwikowi Decjuszowi. Trafił on na dwór króla, dzięki protekcji możnowładcy Jakuba Bonera. Szybko, dzięki licznym zdolnościom i talentom, zdobył sobie duże znaczenie na dworze wawelskim. Od roku 1520 pełnił funkcję sekretarza króla i doradcy.
Pobyt na dworze i pełnione na nim funkcje przełożyły się na korzyści finansowe. W 1528 roku Decjusz zakupił znaczne tereny wokół Krakowa i wybudował dla siebie podmiejski renesansowy pałacyk w stylu willi włoskiej. Przy budowie rezydencji zatrudnił budowniczych pochodzących z Italii. Pałacyk, pierwotnie dwukondygnacyjny, został ukończony w 1535 roku i stał się miejscem spotkań przedstawicieli ówczesnej kultury i polityki.
Po śmierci Justusa Decjusza willę odziedziczył jego syn Justuj junior, znany innowierca. W 1590 roku siedziba Decjuszy przechodzi na własność rodziny Lubomirskich. Kupił ją Sebastian Lubomirski, który dokonał jej przebudowy. W 1630 roku nastąpiły kolejne zmiany w wyglądzie pałacyku. Budynek podwyższono o jedno piętro, dodano dwie kwadratowe wieże i łączącą kondygnacje arkadową loggię.
W wieku XVIII doszło do znacznych zaniedbań willi. Właściciele bardzo często się zmieniali, co nie pomagało w utrzymaniu budynku we właściwym stanie. Doszło nawet, w wyniku zaniedbań, do zawalenia się drugiego piętra.
Lepsze czasy dla willi przyszły wraz z nabyciem jej, w XIX wieku, przez rodzinę Wielowiejskich. Willa została wyremontowana a zaniedbany ogród zamieniony na park angielski. Kolejne przebudowy czekały budynek w latach 40-tych XIX wieku, za sprawą Henrietty Kuczkowskiej. Dzięki jej staraniom powstały wówczas, na froncie willi, reprezentacyjne schody, balkony i wieńcząca budynek attyka. Kuczkowscy, z powodów kłopotów finansowych, zmuszeni byli jednak willę sprzedać.
Obecny wygląd willa zawdzięcza ostatniej znaczącej przebudowie, przeprowadzonej po pożarze w 1882 roku. Rezydencja była wówczas własnością Marceliny Czartoryskiej, która w niej zamieszkała. Po pożarze właścicielka odbudowała willę w stylu renesansowym a odrestaurowana rezydencja stała się jednym z głównych salonów Krakowa. Jednak, wraz ze śmiercią Marceliny Czartoryskiej w 1894 roku, pałacyk znowu czekał gorszy okres. Mimo, że nominalnie właścicielami willi byli dalej Czartoryscy, to ulegała ona powolnej dewastacji przez ówczesnych użytkowników.
W okresie II wojny światowej w budynku miała siedzibę hitlerowska policja. Po wojnie budynek pełnił różne funkcje. Między innymi był siedzibą internatu i szpitala. W latach siedemdziesiątych popadł w całkowitą ruinę.
Rezydencja odrodziła się dopiero w 1996 roku, staraniem Gminy Miasta Krakowa. Obecnie, dzięki działalności Stowarzyszenia Willa Decjusza, w pięknie odrestaurowanej rezydencji znajduje się znane i modne centrum konferencyjne. Rewitalizacji poddano także otaczający wille park i znajdujące się w nim inne budynki.
To duże szczęście, że przechodzenie budynku " z rąk do rąk" i liczne przebudowy nie zeszpeciły pałacyku i obecnie jest to prawdziwa ozdoba Krakowa
.