Jednym z najcenniejszych pomieszczeń kościoła jest kaplica Branickich z manierystycznym nagrobkiem Grzegorza i Katarzyny Branickich, ufundowanym przez ich syna Jana , kasztelana bieckiego. Twórca kaplicy jest Santi Gucci, architekt królewski, autor nagrobka króla Stefana Batorego na Wawelu. Nagrobek Branickich także wyszedł z warsztatu Gucciego i jest jednym z pierwszych w Polsce nagrobków z klęczącymi postaciami zmarłych.
W kaplicy znajduje się jeszcze jeden nagrobek. Jest on starszy od kaplicy. Nie można go jednak zobaczyć, gdyż zakrywa go ołtarz. Jest to kamienny nagrobek dziecięcy z postacią
Jana Czuryły, zmarłego w 1560 roku syna starosty niepołomickiego. Nagrobek był pierwotnie polichromowany.
Fara w Niepołomicach kryje jeszcze wiele ciekawostek.
Na przykład w oknie prezbiterium zachował się fragment gotyckiego witraża a w jednym z ołtarzy bocznych gotyckie antepedium. W starej zakrystii możemy zobaczyć lawaterz, umywalkę służącą do mycia rąk przed mszą.
W prezbiterium warto zwrócić uwagę na manierystyczną chrzcielnicę. Pierwotnie znajdowała się w kaplicy Branickich, ale później przeniesiono ją na obecne miejsce i umieszczono w barokowej oprawie. Interesujące są także stalle z umieszczonymi na dole malowidłami z bukietami kwiatów.
Na zewnętrznej południowej ścianie prezbiterium znajduje się płaskorzeźba Chrystusa Zmartwychwstałego, stanowiąca część dawnego, XVII-wiecznego epitafium . Niestety nie zachowała się tablica z nazwiskiem zmarłego.