Jest jednym z najcenniejszych, polskich kościołów drewnianych, wpisanych na listę światowego dziedzictwa UNESCO. Stoi na terenie starego cmentarza w Lipnicy Murowanej (miejscowi uważają, że za mostkiem na rzece jest już Lipnica Dolna). Od pewnego czasu kościół stał się znanym, licznie odwiedzanym przez turystów i pielgrzymów obiektem na Małopolskim Szlaku Architektury Drewnianej.
Bardzo blisko, dokładnie na wprost kościoła łączą swój bieg dwie górskie rzeki Uszwica i Łyżwica. Podczas powodzi w 1997 r., zsumowane wody tych rzek wdarły się do wnętrza kościoła i podmyły fundamenty, niszcząc kryptę Ledóchowskich. Zabierany przez żywioł kościół, w ostatniej chwili został uratowany przez Lipniczan, którzy przywiązali go liną do rosnącego obok dęba, tego z wydrążoną w nim olbrzymią dziuplą.