Obecny drewniany kościół w Paczółtowicach niedaleko Krzeszowic wzniesiony został przed 1515 rokiem przez jednego z ówczesnych współwłaścicieli wsi z rodu Paczółtowskich. Wcześniej istniała już w tym miejscu świątynia drewniana, wzmiankowana w 1335 roku.
Początkowo kościół o konstrukcji zrębowej posiadał jedną nawę i wielobocznie zamknięte prezbiterium. Nieco później, około 1528 roku, dobudowano od zachodu wieżę w konstrukcji słupowej, zmienioną w XVIII wieku do obecnego kształtu. W XIX wieku dobudowano zakrystię i kruchtę.
Budowla była odnawiana w latach 1671-1681 i wówczas uzyskała podmurówkę, nowy dach gontowy oraz murowane ogrodzenie, w którym umieszczono z czasem nagrobki i epitafia ( między innymi mistrzów kamieniarskich), niektóre z marmuru dębnickiego wydobywanego w pobliskim Dębniku.
Kościół był restaurowany jeszcze kilkakrotnie. W czasie remontu w latach 90-tych odeskowano i pokryto gontem drewnianą dzwonnicę z 1968 roku, stojącą obok kościoła.
Wnętrze świątyni nakrywają stropy pokryte XIX wieczną polichromią.
Kościół w Paczółtowicach należy do najstarszych przykładów późnogotyckiej drewnianej architektury sakralnej w Małopolsce. Z najwcześniejszego wystroju zachowały się m.in. portale w „ ośli grzbiet” i ostrołukowa arkada tęczowa.