Gotyckie mury zamkowe wybudował król Kazimierz Wielki. Zamek Królewski służył przede wszystkim jako miejsce, z którego prowadzono wyprawy łowieckie do Puszczy Niepołomickiej. Równocześnie był miejscem zjazdów koronnych i sądów królewskich. Za ostatnich Jagiellonów został gruntownie przebudowany na styl renesansowy. Dzięki częstym pobytom polskich królów (oraz pięknym krużgankom na dziedzińcu) nazywany jest dziś drugim Wawelem.
W czasach PRL-u początkowo była w nim szkoła. Później opuszczony szybko popadł w ruinę.
Od 1991 r. stał się własnością Gminy Niepołomice, która w przeciągu 3 lat dokonała jego renowacji.